行政院農業委員會原依「促進產業升級條例」訂定「促進農業企業機構研發輔導辦法」及「促進農業企業機構研發輔導計畫申請須知」，以鼓勵農業企業機構主動投入經費於自行研發，或將已有初步研發成果之技術與產品商品化，以加速農業科技之產業化及提升農業產業競爭力。惟「促進產業升級條例」前於99年5月12日廢止，另於同日發布「產業創新條例」，前辦法及原須知爰喪失其授權依據。為持續推動「農業業界科專計畫」，農委會乃依產業創新條例第九條第二項之授權，參採前辦法之規定，維持原有法規架構，酌作部分修正，訂定「農業產業技術研究發展補助辦法」(以下簡稱本辦法)，為持續推動農業業界科專計畫，另依據本辦法訂定「農業產業技術研究發展補助計畫申請須知」如附，修正重點如下：
